お母様からの直接のご質問ではないので、状況がよくわかりません。お母様が社長であれば、増資したときの株主名簿がどうなっているか、法人税の確定申告書の別表2はどうなっているかなど当然お母様もご承知のはずで、何も意義を申し出てなかったということはお母様の資金は増資に充てられていなかったのではないでしょうか。　社長であるお母様に当時の経緯等をお確かめください。
　税理士　高山秀三

この問題は、少々複雑です。
相続以外の法的問題が絡んでおり、しかも、重要な証人（祖母）が亡くなっているからです。さらには、お母さんが当該会社の代表取締役であるにも拘わらず、８年間も株主名簿をチェックしていなかったことも問題があります。
お母さんが、１０００万円分の株は自分のものだと主張する相手方は、その会社であって、自身がその代表取締役であるという関係になります。そういう場合は、お母さんには会社の代表権が認められないので、他の取締役を仮の代表者としなければならないということも生じます。
また、形としては、その１０００万円相当の株は、被相続人（祖母）のものとなっており、相続されています。それは形だけで、実態は、お母さんのものと主張するわけですが、遺産分割調停（審判を含む）では、相続財産になるのか、ならないのかという不確定な財産は審理の対象とはされません。
それ故、別訴をもって、相続された形となっている分を、相続人に対し、返還せよとの請求をすることになりますが、お母さん自身も相続人ですから、その相続分を除外して他の相続人に対して、相続した分を返せということにしなければなりません。（その点で、当該株の相続を認めたことになります。）
次に、当該株が祖母ではなく、お母さんのものであったということを証明しなければなりません。これが難しい。前述したとおり、祖母は亡くなっているし、その件を知っている兄弟は、今となってはその事実は認めないでしょうから。（それ故に、１０００万円の預金通帳を返してきたようですが、これは間接証拠となり得ます。）
また、お母さんから祖母へ１０００万円渡ったことは認めても、それは借り入れたのだと言うことも出来ます。そうなると、例え小切手で渡していて証拠を残しておいても、１０００万円の株がお母さんのものとの証明にはなりません。
しかしながら、いずれにせよ、そういう訴訟を起こさなければ終着はつかないような感じがします。　　　　　　　　　　　　　　　　　　

弁護士　山城　昌巳